يعود تاريخ جامعة زاخو إلى عام 2005 ، وفي إطار توجيهات ومخاوف صاحب السعادة مسعود البرزاني ، رئيس حكومة إقليم كردستان ، واتخذ السيد نيشيرفان بارزاني ، رئيس وزراء حكومة إقليم كردستان ، قرارًا بـ وضع حجر الأساس لكلية التربية وكلية التجارة (خلال مجلس الوزراء الخامس) في الحرم الجامعي في زاخو ، التي كانت في ذلك الوقت تابعة لجامعة دهوك. 

ومع ذلك ، ذكر رئيس وزراء حكومة إقليم كردستان خلال حفل افتتاح كلتا الكليات في زاخو في خطابه أن هذا سيكون الأساس لجامعة مستقلة محتملة في زاخو. في العام الدراسي 2005/2006 تم قبول الطلاب في الكليات اثنين المذكورة أعلاه.

في 8 يوليو 2010 ، صدر أمر رسمي بتأسيس جامعة في زاخو من قبل رئاسة مجلس الوزراء في حكومة إقليم كردستان (الحكومة السادسة) كمنظمة حكومية غير ربحية للتعليم العالي. في العام الدراسي 2013/2014 ، تم تشكيل جامعة زاخو مع 16 قسمًا علميًا و 6 مدارس في كليات العلوم والإنسانيات ورئاسة الجامعة. للعام الدراسي 2014/2015 أصدرت وزارة التعليم العالي والبحث العلمي أمرا وزاريا بافتتاح قسم الهندسة الميكانيكية وقسم التربية البدنية. كما قاموا بفتح قسم التعليم الأساسي لمعلمي المدارس الابتدائية والمتوسطة الحاصلين على دبلوم من أجل تطوير المستوى العلمي للمعلمين. كان التنسيق بين وزارة التعليم العالي والبحث العلمي في حكومة إقليم كردستان ووزارة التعليم في حكومة إقليم كردستان في حكومة إقليم كردستان.